Zur Zeit der Gründung der Zentral-Militärschule Thun waren Pferde das wichtigste und leistungsstärkste Transportmittel. Entsprechend bedeutsam waren Pferde auf dem Waffenplatz Thun.
Nach der Gründung der Zentral-Militärschule kamen rasch immer mehr Pferde nach Thun. Anfangs wurden diese eher unstrukturiert untergebracht. Erst 1841 errichtete die Bürgergemeinde Thun im Auftrag der Eidgenossenschaft an der Aarestrasse eine Reithalle. 1846 wurden zusätzliche Stallungen für 130 Pferde gebaut und 1850 erhielt die Anlage den Namen «Eidgenössische Pferderegieanstalt» (EPRA). Fortan wurden in Thun die «Artilleristen», die «Infanteristen» und die «Genisten» ausgebildet, während die Kavallerie wie bis anhin schon in Bern stationiert war. Anfangs wurden in Thun auch noch Pferde gezüchtet. Doch als der Bedarf nach Ausbildung stetig zunahm, wurde die Zucht ins heutige Eidgenössische Gestüt von Avenches verlegt.
Um 1880 übersiedelten die Thuner Militärpferde in einen vom Parlament beschlossenen Neubau im Schwäbis. An der Aarestrasse wurde stattdessen die Pferdekurieranstalt eingerichtet. Beide Anlagen waren durch die 1882 errichtete «Regiebrücke» verbunden.
Um 1913 zählte die EPRA mehr als 1'000 Regiepferde, etwa 200 Artillerie-Bundespferde sowie rund 250 Beschäftigte. Doch mit dem Aufkommen motorisierter Fahrzeuge nach dem Ersten Weltkrieg schwand die Bedeutung der Pferde. 1937 wurde die EPRA dem Waffenchef der Leichten Truppen unterstellt – und 1950, nach genau 100 Jahren, endete die Ära der Thuner Militärpferde: Die EPRA wurde mit den Berner Kavallerie-Remonten-Depot KRD zur späteren Eidg. Militärpferdeanstalt EMPFA zusammengelegt und ihre Anlagen im Schwäbis vom Armeemotorfahrzeugpark AMP übernommen.